در احوال اين محقق بزرگ آورده اند:

((شيخ در عبادت و صفاى باطن و حالت تضرّع و زارى به درگاه حضرت بارى و تهجّد و سحرخيزى و دعا و مناجات ، يكى از اوتاد روزگار بوده و تا سر حدّ قدرت نمى گذاشته عمل مستحبى از او فوت شود)).(44)

شهيد محراب ، ملاّ محمد تقى برغانى قزوينى مى گويد:

((روزى مرحوم شيخ جعفر كاشف الغطاء وارد قزوين شد و در منزل يكى از بزرگان رحل اقامت افكند. در آن منزل ، باغى نيز وجود داشت . وقت خواب فرا رسيد و همه خوابيدند و من هم در گوشه آن باغ خوابيدم .

چون پاسى از شب گذشت ، شنيدم شيخ مرا صدا مى زند و مى گويد: برخيز و نماز شب به جاى آر.

عرض كردم ؛ بلى بر مى خيزم .

شيخ رد شد و من دوباره خوابيدم . ناگهان صدايى به گوشم خورد، به دنبال آن روانه شدم وقتى به نزديك جايى كه سر و صدا مى آمد رسيدم ديدم جناب شيخ به تضرّع و گريه و مناجات مشغول است و صداى ايشان چنان در من اثر گذاشت كه از آن شب تا كنون كه 25 سال مى گذرد، هر شب بر مى خيزم و به مناجات مشغول مى شوم )).(45)

در ((فوائد الرضويه )) مى نويسد: ((در بعضى از مؤلّفات ديدم كه سالى شيخ گذرش به يكى از شهرهاى ايران افتاد، اهل آن جا خواستند نماز را با آن جناب به جماعت گزارند. مساجد شهر كم وسعت و غير كافى بود، لاجرم در ميدانى اجتماع كردند و با شيخ نماز جماعت خواندند.

پس از نماز از آن بزرگوار خواهش نمودند كه موعظه بفرماييد، شيخ فرمود: من فارسى را خوب نمى دانم . اصرار كردند، شيخ بر منبر آمد و فرمود: مردم ! شما مى ميريد و شيخ هم مى ميرد، پس فكر روز بازپسين نمائيد. ايها النّاس ! شهر شما مثل بهشت است ، چه ، در بهشت قصور است و در اين شهر نيز قصور عاليه و بوستانهائى است كه داراى نهرهاست ... و در بهشت تكليف از قبيل نماز و روزه و ساير عبادات ، برداشته است . همچنين است در شهر شما كه نماز و روزه و عبادات و ديگر امور برداشته شده است اين تعريض ‍ بود از شيخ بر اهل آن شهر در مواظبت نداشتن آنها به فرائض الهى و ارتكاب محرمات و مناهى .

پس نگاه فرمود: در پاى منبر يكى از ذاكرين را ديد، به او فرمود: برخيز و ذكر مصيبت كن و از منبر فرود آمد.

و چون ائمه جماعت آن شهر نوافل را به جاى نمى آورند، اين مطلب به شيخ عرض شد، شيخ فرمود: هر كه نماز نافله نكند به او اقتدا نكنيد، ائمه جماعت كه اين سخن را شنيدند همگى بناى نافله گذاشتند.(46)

شيخ حسن فرزند كاشف الغطاء مى گويد: ((عادت شيخ جعفر آن بود كه هر شب وقت سحر بيدار بود و مى آمد دمِ در اتاقها و عيال و اطفال همه را بيدار مى كرد و مى گفت : برخيزيد و نماز شب بخوانيد و همه بر مى خاستند.

من در آن زمان كودك بودم و خواب بر من غلبه مى كرد وقتى كه شيخ دمِ در اتاق من مى آمد و صدا مى زد برخيز، من به همان حالت كه دراز كشيده بودم مى گفتم : ولا الضّالين ، يا، اللّه اكبر؛ يعنى ، من مشغول نمازم !!))(47).